Theo y học dân tộc, hẹ có vị cay, hơi chua, mùi hăng, tính ấm, có tác dụng tán ứ, hoạt huyết, tiêu độc, tiêu đờm, cầm máu.
Nghiên cứu gần đây cho thấy, trong lá và củ hẹ có chất sunfua, saponin, chất đắng và một hoạt chất đặt tên là odorin có tác dụng kháng sinh mạnh đối với nhiều loại vi khuẩn như Staphylococcus, Salmonella, Shigella, Subtilis… Tính chất kháng sinh này khá bền vững, nhưng nếu đun sôi sẽ hết tác dụng.